DNA-ekstraksjon: Mengde er ikke synonymt med mangfold

Abstract

For å oppnå gode og representative resultater i molekylærgenetiske analyser, er det viktig at nukleinsyrene som benyttes er av tilstrekkelig kvalitet. Som en del av en større studie om kolerektal kreft, var målet å identifisere den DNA-ekstraksjonsmetoden som ga høyest DNA-utbytte og størst bakteriell diversitet (mangfold) i fecesprøver. En systematisk sammenlikning av fire ulike DNA ekstraksjonskit med totalt seks ulike prosedyrer presenteres i artikkelen. QIAsymphony med DSP Virus/Pathogen Kit (Qiagen) skilte seg ut som den metoden som ga høyest utbytte av både bakterielt og humant DNA. Metoden er også fordelaktig med tanke på automasjon og ressursbruk. Analyse av bakteriell diversitet illustrerte imidlertid at det ikke nødvendigvis er samsvar mellom DNA-utbytte og diversitet. Ekstraksjon med PSP® Spin Stool DNA Kit resulterte i høyere bakteriell diversitet både internt i hver prøve og mellom prøvene, sammenlignet med QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit (Qiagen). Metoden er manuell og tidkrevende, men dersom tid og ressursbruk ikke er en faktor, kan den med fordel benyttes til bakterielle diversitetsstudier.